Dall’epoca pre-romana l’intera vallesina fu zona di transito e di commercio tra i Greci provenienti da Ancona e Numana, gli Etruschi e gli Umbri. Nel 295 a.C. si consolidò la presenza dei Romani che sconfissero Etruschi, Umbri, Galli e Sanniti nella battaglia del Sentino. Divenne ufficialmente castrum, cioè luogo fortificato, nel XII secolo, pur dipendendo dal governo dalla confinante Serra San Quirico. Nei secoli a seguire il castello venne curato attraverso lavori di manutenzione e i campi e i loro prodotti vennero salvaguardati. A metà ottocento Mergo raggiunse la propria autonomia amministrativa e parrocchiale e con l’inizio del nuovo secolo cominciò anche un incremento demografico della popolazione. Accadde, tuttavia, che Mergo perse nuovamente la sua indipendenza nel 1917 quando insieme a Rosora formò il comune Rosora-Mergo, da cui riottenne definitiva autonomia il 1 febbraio 1946.